Novel "Hijau" berlatar di masa depan (tahun 2100–2200), di mana dunia mengalami kehancuran lingkungan akibat eksploitasi teknologi dan keserakahan manusia. Cerita ini mengikuti perjalanan Rei Takahashi, seorang siswa di kota Yudfer, yang awalnya tidak peduli terhadap masalah lingkungan. Namun, setelah terlempar ke masa depan, ia menyaksikan kehancuran dunia dan bertemu dengan Ren Takahashi, cucunya, serta Hera Takahashi, cucunya yang lain.
Di masa depan, Hyperexe Company, sebuah perusahaan teknologi, telah menguasai dunia dan memonopoli sumber daya. Mereka menciptakan kota Jufer, tempat para elite tinggal, sementara masyarakat biasa (disebut Outerim) menderita dalam lingkungan yang rusak. Rei menyadari bahwa dirinya di masa depan adalah pemimpin organisasi GSquad, kelompok perlawanan yang ingin mengembalikan kelestarian bumi.
Rei harus menjalani pelatihan keras untuk bertarung melawan Deviant, kelompok yang mengendalikan dunia. Ia juga harus menghadapi kenyataan bahwa dirinya memiliki peran besar dalam perjuangan ini. Seiring waktu, ia mulai memahami pentingnya melindungi lingkungan dan bagaimana keputusan manusia di masa lalu berdampak pada masa depan.